Monitorare e classificare la qualità delle acque marino,costiere e di transizione ai sensi della Direttiva 2000/60/CE. Ovvero verificare il raggiungimento dello stato ambientale 'buono' che è definito in funzione della capacità dei corpi idrici di mantenere i processi naturali di auto,depurazione e supportare comunità animali e vegetali ampie e ben diversificate, l'obiettivo di qualità ambientale da raggiungere riguarda la qualità delle acque acque marino,costiere e di transizione.
ISPRA elabora indicatori ambientali atti al monitoraggio della qualità delle acque marino,costiere e di transizione, ai sensi della Direttiva 2000/60/CE a seguito della propria attività 'istituzionale' relativa all'implementazione della Direttiva stessa. Operativamente, ISPRA, utilizza i dati presenti nel proprio archivio SINTAI, derivanti dai programmi regionali di monitoraggio eseguiti dalle ARPA/APPA in attuazione del D.lgs n. 152/06 e s.m.i. sulla tutela delle acque, per produrre indicatori utili anche alla statistica ufficiale. Annualmente produce indicatori relativi agli elementi di qualità biologica (macroalghe, angiosperme, fitoplancton e macroinvertebrati bentonici, fauna ittica) classificazione per stazione di monitoraggio, mentre la qualità ecologica e chimica dei corpi idrici viene aggiornato come da normativa ogni sei anni. L'Ufficio di Statistica collabora alla diffusione dei risultati.
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